Les Troupes d’occupation en Allemagne (TOA) ont subi, dès 1946, les mêmes vicissitudes que les forces stationnées en France, à savoir une réduction de format drastique, non compensée par le retour à la conscription laquelle fut relativement chaotique jusqu’aux années 1950. Cette situation sera un peu contrebalancée par la mise sur pied de l’Otan, le gouvernement et Jules Moch, ministre de la Défense, ayant d’emblée décidé de placer les Troupes d’occupation en Allemagne sous commandement Otan. Ce fort tropisme otanien marquera les Forces françaises en Allemagne et constituera leur identité forte jusqu’à leur dissolution, à l’issue de la chute du mur de Berlin (1989) et de la dislocation de l’Union soviétique qui en a été la conséquence.

Les TOA jusqu’à la création de l’Otan (1945–1950) 

La dissolution de la I^re Armée et son quartier général, installé à Lindau sur les rives du lac de Constance va profondément refonder l’organisation des forces d’occupation en Allemagne.

Contrairement à 1918 où « l’armée du Rhin » représentait les forces d’occupation françaises dans un État allemand vaincu mais souverain (la République de Weimar), en 1945, la souveraineté allemande n’existait plus. Elle était exercée par les Quatre vainqueurs, chacun dans sa zone d’occupation respective. À titre d’exemple, la monnaie allemande en cours sous le III^e Reich, le Reichsmark, n’existait plus et la monnaie en circulation était celle de la puissance occupante. Chacune d’entre elles devait donc mettre en place une organisation administrative, aux ordres du commandant en chef de la zone d’occupation, haute autorité militaire différente du commandant des troupes d’occupation, qui lui était subordonné.